1985年，《中共中央关于科学技术体制改革的决定》提出“调整科学技术系统的组织结构”，1996年国务院《关于“九五”期间深化科技体制改革的决定》进一步强调“科技体制改革以独立科研机构特别是中央部门所属科研机构为重点”。经过十多年的科技体制改革，研究与开发机构的组织结构和运行机制已发生重大变化，有的机构已经成为科技型企业，部分机构已成为研究、开发、工程设计和生产销售一体化的单位。在多年改革的基础上，1999年2月国务院决定对国家经贸委管理的10个国家局所属的242个研究与开发机构实行转制。
       率先进行转制的242个机构中，131个进入企业（集团），40个转为科技型企业，18个保留事业单位性质转为中介机构，24个并入学校划转其他部门或撤并，29个转为中央直属的大型科技企业。
在242个转制机构的示范和推动下，以企业化转制为重点、组织结构调整为核心、推进国家创新体系建设为目标的研究与开发机构的转制改革在全国范围内展开，取得了明显进展。继1999年242个机构转制以后，2000年10月，建设部等11个国务院部门属134个技术开发类机构开始实施转制，公益类研究与开发机构的分类改革于2000年启动， 2004年底前按照改革方案全部实施到位。地方开发类研究与开发机构转制大都已形成方案，地方公益类研究与开发机构的改革也在积极推进。
      截至2001年底，共有1232个研究与开发机构已经转制和正在进行转制，其中923个转制到位。已转制到位的机构共有从业人员19.3万人，科技活动人员10.3万人,科技经费筹集额148.1亿元，科技经费支出138.6亿元，这些人员和经费资源量占当年全国研究与开发机构与转制机构资源总量的20%左右。研究与开发机构的转制，使我国以政府部门属研究与开发机构为主体的原有科技系统的结构发生了明显的变化。