1986年初成立的国家自然科学基金委员会负责组织、实施、管理国家自然科学基金项目，并根据国家发展科学技术的方针、政策和规划，以及科学技术发展方向，面向全国资助基础研究和应用研究，基金主要来自国家财政拨款。
     2000年～2001年期间，国家对国家自然科学基金的财政拨款累计达28.3亿元，较1998年和1999年的总和增加9.8亿元。国家自然科学基金积极支持自由探索并加强资助工作的战略引导作用，两年来共资助面上项目8121项，投入14.3亿元，资助强度由1999年的13.5万元/项增长到2001年的18万元/项。在申请数量增加的情况下，项目的平均资助率从1999年的16.7%提高到2001年的18.8%。
     国家自然科学基金继续实施人才战略，加大对人才的资助力度，突出对优秀青年人才的培养和吸引，启动了对创新研究群体的支持。两年来，青年科学基金累计资助1417人，国家杰出青年科学基金资助296名优秀青年学者，海外和香港、澳门青年学者合作研究基金共资助121人，创新研究群体共资助35个，用于人才培养资助体系的经费投入约8亿元。
     国家自然科学基金正在发挥促进我国基础研究源头创新的作用。两年来共结题、验收各类科学基金项目7200项，成果质量较过去有明显提高，其中在国际、国内学术期刊发表论文57000余篇和在各类学术会议做特邀报告24000余篇，发表专著2200册，培养研究生18000余人。
     国家自然科学基金加强了与国际和地区合作交流的宏观管理，合作研究呈现出可持续、求实效和多样性的发展态势。到2001年底，已与39个国家和地区的55个科学基金组织和研究机构建立了合作交流关系。两年来，资助各类国际（地区）合作交流项目3500项，资助重大国际合作研究项目15项，启动了3个虚拟研究中心。